Cuando se forma un trombo en las venas que llevan la sangre no oxigenada hasta el corazón derecho, es frecuente que ese trombo se desprenda y quede impactado en las arterias y arteriolas pulmonares (embolia pulmonar), produciendo así una obstrucción al paso de sangre a través de las arterias pulmonares. En los niños, esta causa es muy poco frecuente, solo se da en pacientes que presentan alteraciones de la coagulación, o que han llevado catéteres intravasculares durante largo tiempo.

El mejor tratamiento consiste en la endarteroctomía , es decir la extracción quirúrgica de esos trombos, cuando están en un lugar accesible para el cirujano.